L'asse dell'edificio devia leggermente dall'asse del Foro attuale (il Tempio è situato a metà del lato lungo del foro verso sud-ovest), il che vuol dire che il Tempio era preesistente. Infatti il tempio risale al VI secolo a.C., cioè al tempo in cui fu introdotto il culto che proveniva da Cumae dove esisteva un famoso oracolo di Apollo. Insieme al tempio Dorico, è il santuario più antico di Pompei. Sembra che il Tempio del dio sia divenuto in seguito il più importante della città, sostituendo il culto di Heracles. L'attuale planimetria risale al V secolo a.C. , quando i greci o i sanniti ne intrapresero il restauro. Il porticato del chiostro fatto di 48 colonne fu aggiunto circa 300 anni dopo.
Due splendide statue, una bronzea di Apollo Arciere ed una che lo raffigura nelle vesti di citarista sono oggi conservate nel Museo Archeologico di Napoli.